扁平疣是否会自行消失，要根据病情来决定。

1、会自动消失：扁平疣在发作的时候是一种人乳头瘤病毒引起的疣体，在被这种疣体感染之后，如果症状比较轻微，没有出现局部瘙痒和疼痛的症状下，注意局部卫生，一般有可能会达到自行消失。

2、不会自动消失：在病发期间，如果是因为患者的自身抵抗力较差，而且免疫力较弱的情况下，引起的扁平疣感染，出现这种症状时一般不会自行消失，必要时可以在医生的指导下通过点阵激光的方法治疗。